Le système solaire a été créé pendant le Big Bang, mais l'Univers lui-même, les toutes premières matières, les atomes, comment ont-ils été créés, d'où viennent-ils ?

Le système solaire n’a pas été créé au Big bang.
Il n’y a pas de « où » particulier dans l’Univers et, opinion de votre serviteur assez largement partagée, il n’a pas d’origine.
L’origine de la « matière », plus exactement de sa masse inertielle, c’est un champs scalaire apparu par brisure spontanée de symétrie à 10^-36 secondes (de temps complexe) du démarrage de l’expansion. C’est alors que se sont déclarés les premières horloges et l’avénement du temps réel (opinion de Sir Roger Penrose, de beaucoup d’autres, et de votre serviteur).

L’origine des atomes, c’est une baisse de densité et de température dans l’expansion qui a permis l’assemblage noyau/électrons. Ça s’est produit environ 380’000 années cosmiques plus tard quand la température est tombée à environ 3000 degrés libérant la lumière.